為高教體系全國唯一培育船副(月薪最高達17萬以上)、船長(月薪最高達30萬以上)及引水人(月薪最高達150萬以上)等航海專業人才的科系，亦培育船務與港務管理方面之海運相關人才。大學部課程規劃為航行與船務等兩大專業領域，各領域均提供必修以及建議選修課程。航行領域除系定專業必修課程外，建議選修進階航海人員課程、基礎課程、工學課程、航行相關課程與法學課程；船務領域除系定專業必修課程外，建議 選修基礎課程、海事安全課程、海事法律及保險課程與管理課程。大學部就業發展領域主要為航業界、交通航政機構、造船及機械工業財稅金融界、船務代理業與各級海事教育研究機構等。例如：船副、船長、引水人、航運管理人員、航政港務人員、海關關員、船務代理人員、驗船師、船舶監造工程師、海上保險業務員、海事仲裁、船舶經營者、海事院校教師以及海事研究機構研究員等。學生只要修畢系定專業必修或取得學位證書即可取得報考交通部航港局航海人員測驗之資格，通過航海人員測驗且實習一年期滿取得適任證書後，即可至航運公司就業擔任商船或其他船舶之船副職位。

碩士班設立之宗旨在於培養商船工程，包括了商船航海工程、商船輪機工程、商船控制工程、海上運輸工程及海上交通工程等專門從業人員，培養商船管理，包括了商船人事管理、商船船務管理、商船安全管理、商船資訊管理、商船物流管理、海運經營管理、海運政策及海事法規等專業人才。課程則課程依屬性規劃為「核心課程」與「非核心課程」。「核心課程」包括商船專業課程與研究方法課程，商船專業課程可提供學生對於商船領域的專業知識與發展；研究方法課程則提供學生瞭解各種研究方法與工具之原理、優缺點以及研究現況；「非核心課程」則包含與商船專業與方法論間接相關之課程。

碩士在職專班設立之目的，在於滿足海運產業與其他海運產業有興趣之在職人員有進一步提升海事專業知識與能力的需求，在碩士班既有的架構之下，培養具有人文與科技素養之商船專業學術研究人才及海事產業之高階領導人才。

培養具有進階人文與科技素養之商船專業學術研究人才。